Les cas de réinfection à la COVID-19 au Québec sous la loupe

Pour s’assurer qu’il s’agit bien d’une nouvelle infection et non de la même infection qui s’est prolongée, on s’applique dans un premier temps à déterminer la séquence génétique des virus prélevés lors des deux tests de dépistage espacés d’au moins trois mois.
Photo: Thibault Camus Associated Press Pour s’assurer qu’il s’agit bien d’une nouvelle infection et non de la même infection qui s’est prolongée, on s’applique dans un premier temps à déterminer la séquence génétique des virus prélevés lors des deux tests de dépistage espacés d’au moins trois mois.

Le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) cherche à éclaircir le phénomène des cas de réinfection par la COVID-19 et à en mesurer l’ampleur grâce à la biobanque CoVBanQ qui contient les échantillons viraux de toutes les personnes ayant été déclarées positives à un test de dépistage de la COVID-19 au Québec.

En juin dernier, l’Institut national de la santé publique du Québec (INSPQ) avait dénombré au Québec plus de 4500 personnes ayant présenté un test de dépistage positif après avoir été considérées comme guéries d’une première infection par le coronavirus en raison d’un test négatif. De plus, plusieurs cas anecdotiques de possible réinfection ont été rapportés récemment par certains médias.

Sandrine Moreira, responsable de la génomique et de la bio-informatique au LSPQ, fait d’abord remarquer que les 4500 personnes qui avaient été déclarées positives à un premier test, puis avaient passé un second test qui s’est avéré négatif avant de se soumettre à troisième dépistage dont le résultat était positif, ne sont pas nécessairement toutes des cas de réinfection. « Parmi ces personnes, beaucoup ont continué à excréter du virus, celui de la première infection, pendant longtemps, et c’est le même virus qui a été détecté lors des premier et troisième tests », explique-t-elle. Pourquoi ces personnes ont-elles reçu un résultat négatif entre les deux positifs alors ? « Quand les charges virales sont très faibles et donc très proches de la limite de détection du test, il arrive 2 fois sur 10 qu’on ne détecte pas la présence du virus », précise-t-elle avant de souligner qu’il est important de distinguer ces cas des réelles réinfections qui concernent les personnes qui se sont débarrassées de leur première infection et qui en ont une nouvelle.

Les cas de possible réinfection que le LSPQ étudie n’ont pas été recrutés parmi les personnes qui pensent avoir été infectées une seconde fois. L’équipe du LSPQ se concentre plutôt sur les patients qui avaient déjà été déclarés positifs une première fois — et pour lesquels on disposait déjà dans la biobanque d’un échantillon des virus qui les infectaient lors de ce premier test de dépistage —, et qui reviennent se faire tester au moins trois mois plus tard et qui obtiennent à nouveau un résultat positif. Un système automatique d’extraction des données permet de repêcher ces cas de réinfection potentielle au sein de la base de données de la Santé publique.

« On va commencer par s’intéresser aux cas pour lesquels l’intervalle de temps entre les deux infections est le plus élevé (trois mois ou plus), parce que ce sont parmi ceux-là qu’on a le plus de chances de voir un cas de réinfection. Mais il faut bien sûr garder un mode de recherche exploratoire, car le cas de l’Américain qui a fait l’objet d’un article concernait une réinfection après un mois et demi », précise Mme Moreira.

Pour s’assurer qu’il s’agit bien d’une nouvelle infection et non de la même infection qui s’est prolongée, on s’applique dans un premier temps à déterminer la séquence génétique des virus prélevés lors des deux tests de dépistage espacés d’au moins trois mois. Et on les compare afin de vérifier si la séquence du virus du premier test est la même que celle du second test ou s’il s’agit d’une lignée différente.

M. Moreira n’a toutefois pas pu divulguer au Devoir si des cas de réinfection ont pu être confirmés jusqu’à maintenant. « Il y a plusieurs cas pour lesquels on ne peut pas conclure parce que les charges virales que l’on détecte lors de la deuxième infection sont extrêmement faibles, beaucoup plus faibles que lors de la première infection, et notre technique de séquençage génétique n’est pas suffisamment sensible pour les détecter. Nous sommes en train de mettre en place des systèmes de séquençage plus sensibles pour aller chercher ces cas-là », précise-t-elle.

Les chercheurs du LSPQ espèrent tirer des informations précieuses sur l’ampleur du phénomène de la réinfection au Québec, mais aussi sur le type d’immunité qu’entraîne une première infection par la COVID-19, voire « sur la façon dont fonctionne l’immunité contre les coronavirus ».

« On aimerait bien savoir quels types de personnes sont plus sujets à la réinfection. Est-ce plutôt les hommes que les femmes ? Plutôt les jeunes que les personnes plus âgées ? Des personnes qui ont fait un épisode asymptomatique d’abord ? Et est-ce qu’il faut que le virus qui a causé la seconde infection soit très différent génétiquement de celui qui est responsable de la première infection pour générer une telle réinfection ? » lance-t-elle.

Le virus accumule deux à trois nouvelles mutations par mois. Mais souvent, ces mutations au niveau de l’ADN sont silencieuses, elles n’impliquent pas nécessairement un changement au niveau des acides aminés et des protéines. Certaines peuvent néanmoins avoir un impact, explique Mme Moreira.

« Les virus qu’on voit à l’heure actuelle ne sont plus tout à fait les mêmes que ceux qu’on avait observés au début de l’épidémie, c’est pourquoi ils peuvent générer une réponse immunitaire différente. La diversité génétique du virus qui est imputable à l’évolution génétique naturelle du pathogène est un paramètre qui pourrait jouer. Peut-être que l’immunité que les individus développent n’est pas suffisante pour les protéger si la souche diverge trop », avance-t-elle.

La chercheuse souligne que c’est grâce à la biobanque de coronavirus du Québec (CoVBanQ) que nous pourrons répondre à toutes ces questions. « C’est une ressource exceptionnelle. Il y a très peu d’endroits dans le monde qui disposent d’une telle ressource. Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) éprouvent des difficultés à caractériser des réinfections, car ils ont du mal à retrouver l’échantillon original. Au Québec, la biobanque nous permet de retrouver beaucoup plus facilement les échantillons originaux qui vont nous permettre de poursuivre une étude plus poussée sur les réinfections », dit-elle.

Mme Moreira estime que cette étude sur les réinfections doit aussi servir à sensibiliser le public sur ce phénomène qui peut avoir des conséquences néfastes. « Peut-être que les personnes qui ont déjà contracté le coronavirus une première fois pourraient se sentir protégées et pourraient relâcher leur vigilance. Il est important qu’elles sachent que, même si les cas de réinfection sont peut-être rares, elles peuvent être à nouveau victimes d’une nouvelle infection, et qui plus est, elles peuvent être asymptomatiques lors de cette deuxième infection et ne pas le savoir et ainsi la transmettre à leurs proches à leur insu. Il est donc important qu’elles continuent à bien suivre les recommandations sanitaires, notamment celles de garder leurs distances et porter le masque. »

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